6 sausio, 2021
VUL Santaros klinikos

Lietuvoje rūpestį keliančios SARS-CoV-2 viruso atmainos nerasta, bet aptikta kitokia

VUL Santaros klinikos kartu su UAB „Thermo Fisher Scientific Baltics“ atliko 8 iš daugiau kaip 4000 pagal tam tikrus laboratorinius požymius atrinktų ėminių SARS-CoV-2 viruso genomo sekoskaitą. Jungtinėje Karalystėje pastebėtos naujos „rūpestį keliančios“ (angl. Variant of concern, VOC) viruso atmainos B.1.1.7 neaptikta. Visuose mėginiuose buvo iki šiol Lietuvoje sekoskaitos būdu neaptikta kita B.1.258 atmaina.

Gruodžio viduryje Jungtinėje Karalystėje buvo pastebėta nauja viruso atmaina (B.1.1.7 lineage arba angl. Variant of Concern, VOC). Nustatyta, jog ši viruso atmaina nukonkuravo kitas dominuojančias atmainas ir tapo viena iš dažniausiai aptinkamų Anglijos regione. Manoma, kad dėl jos stipriai išaugo susirgimų skaičius.

„Santaros klinikų medikai išanalizavo per 4000 Santaros klinikų laboratorijoje atliktų Lietuvos gyventojų viruso tyrimų teigiamus rezultatus, ir atrinko 8 mėginius, kuriuose pastebėtas S geno signalo praradimas, tikėtina, rodantis B.1.1.7 atmainą. Norint  patvirtinti, ar Lietuvoje jau aptinkama naujoji „rūpestį kelianti“ atmaina, buvo nuspręsta atlikti šių ėminių viruso genomo sekoskaitą. Mėginiai buvo gauti iš Santaros klinikų biobanko“, – sako Santaros klinikų biobanko vadovas, vyresnysis medicinos biologas Daniel Naumovas.

Siekiant tikslumo sekoskaita buvo vykdyta dviejuose centruose: UAB „Thermo Fisher Scientific Baltics“ ir Santaros klinikų Hematologijos, onkologijos ir transfuziologijos centre Mėginius paruošė ir sekoskaitą atliko dr. Justinas Šlikas, vyresnysis „Thermo Fisher Scientific“ mokslo darbuotojas bei Santaros klinikų Hematologijos, onkologijos ir transfuziologijos centro medicinos biologas Rimvydas Norvilas, o gautų duomenų bioinformatinę analizę atliko Ingrida Olendraitė, Kembridžo universiteto virusų molekulinės biologijos ir bioinformatikos mokslininkė. Tyrimas atliktas, naudojant UAB  „Thermo Fisher Scientific Baltics“  reagentus. Įmonė šiuos reagentus suteikė ir sekoskaitos dalį atliko neatlygintinai.

Patikrinus SARS-CoV-2 viruso atmainas, „rūpestį keliančios“ B.1.1.7 neaptikta. Visuose mėginiuose buvo rasta iki šiol Lietuvoje sekoskaitos būdu neaptikta B.1.258 atmaina, kuri duomenų bazėse siejama su Jungtine Karalyste, Danija ir Šveicarija. Lietuvoje aptikta B.1.258 ir Jungtinėje Karalystėje rasta B.1.1.7 atmaina turi bendrą mutaciją – S baltymo 69-70 aminorūgščių praradimą, kuris, manoma, atsirado dėl protrūkio, susijusio su ūkiuose auginamomis audinėmis.

Pasak Santaros klinikų Hematologijos, onkologijos ir transfuziologijos centro vadovo prof. Laimono Griškevičiaus, puikiai pavyko tikslingai atsirinkti mėginius, atlikti geros kokybės sekoskaitą ir tiksliai išanalizuoti duomenis. Viruso mutacijos ilgainiui gali daryti įtaką diagnostinių rinkinių tikslumui, viruso perdavimui (užkrečiamumui), vakcinų veiksmingumui. Šiuo metu lengviau, taigi ir  greičiau plintančios VOC (arba B.1.1.7) atmainos nei Santaros klinikos, nei kolegos Vilniaus universitete ir Lietuvos sveikatos mokslų universitete išanalizuotuose Lietuvoje aptiktuose SARS-CoV-2 genomuose (~230; lapkričio-gruodžio mėn.) nerado. Tačiau šiuo metu, esant labai dideliam užsikrėtimų skaičiui, tokie pavieniai viruso genomo tyrimai yra nepakankami, todėl svarbu kuo greičiau pradėti nuolatinę viruso sekoskaitą Lietuvoje.

Apie B.1.258 atmainą

B.1.258 atmaina yra viena iš trijų žinomų viruso atmainų, kai kuomet pradingsta  S-geno signalas, atliekant įprastinius viruso PGR tyrimus. Tai susieta su S baltymo 69-70 aminorūgščių praradimu ir dažniausiai aptinkama bent trijose skirtingose atmainų genomų atmainose (B.1.1 (taigi ir B.1.1.7), B.1.258 ir ‘cluster 5’). Taip pat šioje B.1.258 atmainoje aptinkama ir N439K (asparagino aminorūgštis, pakeista lizinu) mutacija S baltyme, kuri, manoma, padeda S baltymui stipriau prisijungti prie žmogaus ACE2 receptoriaus. 

Apie B.1.1.7 atmainą

Susirūpinimą kelianti B.1.1.7 atmaina turi neįprastai didelį mutacijų kiekį (17), iš kurių 8 įvyko atsakingame už susijungimą su žmogaus ląstele – S gene. Pirmą kartą ši atmaina buvo aptikta Jungtinėje Karalystėje 2020 metų rugsėjį. Iki šios dienos toks pats virusas buvo aptiktas jau 29 šalyse. Pirminiai epidemiologiniai tyrimai rodo, kad B.1.1.7 atmaina siejama su išaugusiu užkrečiamumu. Šiuo metų nėra įrodymų, kad ši atmaina turėtų įtakos ligos sunkumui ar skiepų veiksmingumui.

Sekoskaitos svarba visuomenės sveikatai

Naujai atsirandančios viruso atmainos teoriškai gali pasižymėti gebėjimu greičiau plisti visuomenėje, sukelti lengvesnes ar sunkesnes ligos formas. Taip pat atmainas gali būti sunkiau aptikti atliekant diagnostinius testus. Atmainas būtina stebėti dėl galimo atsparumo vaistams bei vakcinai.

Apie SARS-CoV-2 sekoskaitos tyrimus Lietuvoje ir pasaulyje

Lietuvoje viruso sekoskaitą atlieka Santaros klinikos, Vilniaus universitetas ir Lietuvos sveikatos mokslų universitetas. Šiuo metų yra nustatyta 228 Lietuvoje plintančių virusų genomų. Deja, toks nedidelis sekoskaitos skaičius suteikia mažai informacijos apie epidemiologinį viruso atmainų paplitimą. Pasaulyje epidemiologiniai sekoskaitos tyrimai taikomi plačiau nei Lietuvoje. Jau į tarptautinę duomenų bazę įkelta per 322 tūkstančius viruso genomo sekų. Pirmaujanti šalis yra Jungtinė Karalystė, kurioje tyrėjai viruso sekoskaitą atlieka apie 10 proc. visų patvirtintų atvejų.

 

Komentarai (0)

Parašykite komentarą

El. pašto adresas nebus skelbiamas.


3 kovo, 2021

Statistikos departamentas praneša, kad per praėjusią parą patvirtintų naujų atvejų konkretiems žmonėms skaičius – 501. Bendras patvirtintų atvejų konkretiems žmonėms […]

Sauliaus Žiūros nuotr.
2 kovo, 2021

Įsibėgėja naujas vakcinacijos etapas Vilniuje – 80-ies ir vyresni gyventojai nuo COVID-19 pradėti skiepyti ir namuose. Planuojama, kad pirmadienį bus […]

Vytautas Sinica
2 kovo, 2021

Gyvename keistais laikais ir kartais sunku patikėti, kokie dalykai yra rimtai svarstomi Seime. Naujosios koalicijos sutartyje įrašytas Stambulo konvencijos ratifikavimas. […]

2 kovo, 2021

Statistikos departamentas praneša, kad per praėjusią parą patvirtintų naujų atvejų konkretiems žmonėms skaičius – 426. Bendras patvirtintų atvejų konkretiems žmonėms […]

Virgilijus ir Loreta Noreikos su sūnumi Virgilijum
1 kovo, 2021

„Kiek laiko man dar liko gyventi?, – paklausė gydytojų Lietuvos operos legenda Virgilijus Noreika 2018 metais po kompleksinio jo sveikatos […]

1 kovo, 2021

Per praėjusias 3 paras šalies ugniagesiai gelbėtojai vyko gesinti 79 gaisrų ir atliko 69 gelbėjimo darbus. Žūčių gaisruose išvengta. Penktadienį, […]

1 kovo, 2021

Kovo-1-ąją minima Tarptautinė civilinės saugos diena. Jos metu atkreipiamas visuomenės dėmesys į pasirengimo ekstremaliosioms situacijoms svarbą. Vilniaus priešgaisrinė gelbėjimo valdyba ta […]

Unsplash nuotr.
28 vasario, 2021

Nuo pat pandemijos pradžios daugelis augintinių šeimininkų didžiąją dalį laiko praleidžia namuose drauge su savo keturkojais draugais. Kai kurie netgi […]

26 vasario, 2021

Šylantys orai kasdien vis labiau tirpdo ledą. Ugniagesių gelbėtoju teigimu, šiuo metu jis yra gana apgaulingas. Priešgaisrinės apsaugos ir gelbėjimo […]

26 vasario, 2021

Savo nusivylimą Ekonominio bendradarbiavimo ir plėtros organizacijos (EBPO) Lietuvai pateiktomis rekomendacijomis išreiškusi Finansų ministerija ne tik diskredituoja šios nepriklausomos tarptautinės […]

Gyčio Grižo nuotr.
26 vasario, 2021

Praėjusių metų pabaigoje buvo baigtas rengti pirmojo etapo Gedimino kalno ilgalaikio sutvarkymo darbų projektas. Atlikti vieni sudėtingiausių Lietuvoje geologiniai tyrimai […]

25 vasario, 2021

Šią savaitę nuo koronaviruso (COVID-19) infekcijos baigta vakcinuoti pirmoji prioritetinė grupė – Lietuvos sveikatos sistemos darbuotojai. Per beveik du mėnesius […]

Gydytoja Lolita Rapolienė
25 vasario, 2021

Su rūgštinio refliukso sukeliamu rėmeniu, pasireiškiančiu deginimo jausmu krūtinėje, ko gero, anksčiau ar vėliau susiduria kiekvienas. Mokslininkai atskleidė neįtikėtiną šios […]

Lauksargių globos namai
24 vasario, 2021

Vakarykštę parą Tauragės rajone įsikūrusiuose Lauksargių globos namuose užfiksavus naują koronavirusinės infekcijos protrūkį, taip pat dar šešis ligos atvejus patvirtinus […]

24 vasario, 2021

Nacionalinio visuomenės sveikatos centro prie Sveikatos apsaugos ministerijos (NVSC) Kauno departamentas informuoja, kad Kaune (mieste ir rajone), vasario 21-23 dienomis […]

24 vasario, 2021

Sveikatos apsaugos ministerija (SAM) informuoja, kad mūsų šalyje nustatyta 11 naujų britiškosios koronaviruso (COVID-19) atmainos atvejų. Tai patvirtinančius sekoskaitos tyrimų […]

24 vasario, 2021

Šiandien Vyriausybė nusprendė pratęsti karantiną iki kovo 31 d. Judėjimo ribojimas tarp šalies savivaldybių pratęstas iki kovo 15 d. Nuo rytojaus, […]

24 vasario, 2021

Pandemija ir su ja susiję karantino suvaržymai smarkiai apribojo pramogų pasirinkimą, todėl žmonės laiką leido arba prie televizoriaus ekrano, arba […]

24 vasario, 2021

Statistikos departamentas praneša, kad per praėjusią parą patvirtintų naujų atvejų konkretiems žmonėms skaičius – 631. Bendras patvirtintų atvejų konkretiems žmonėms […]

23 vasario, 2021

Panevėžio apylinkės teismas nagrinėja civilinę bylą darbo ginčo dėl teisės tarp 135 Panevėžio ligoninės darbuotojų ir jų darbdavio. Bylos esmė […]