6 sausio, 2021
VUL Santaros klinikos

Lietuvoje rūpestį keliančios SARS-CoV-2 viruso atmainos nerasta, bet aptikta kitokia

VUL Santaros klinikos kartu su UAB „Thermo Fisher Scientific Baltics“ atliko 8 iš daugiau kaip 4000 pagal tam tikrus laboratorinius požymius atrinktų ėminių SARS-CoV-2 viruso genomo sekoskaitą. Jungtinėje Karalystėje pastebėtos naujos „rūpestį keliančios“ (angl. Variant of concern, VOC) viruso atmainos B.1.1.7 neaptikta. Visuose mėginiuose buvo iki šiol Lietuvoje sekoskaitos būdu neaptikta kita B.1.258 atmaina.

Gruodžio viduryje Jungtinėje Karalystėje buvo pastebėta nauja viruso atmaina (B.1.1.7 lineage arba angl. Variant of Concern, VOC). Nustatyta, jog ši viruso atmaina nukonkuravo kitas dominuojančias atmainas ir tapo viena iš dažniausiai aptinkamų Anglijos regione. Manoma, kad dėl jos stipriai išaugo susirgimų skaičius.

„Santaros klinikų medikai išanalizavo per 4000 Santaros klinikų laboratorijoje atliktų Lietuvos gyventojų viruso tyrimų teigiamus rezultatus, ir atrinko 8 mėginius, kuriuose pastebėtas S geno signalo praradimas, tikėtina, rodantis B.1.1.7 atmainą. Norint  patvirtinti, ar Lietuvoje jau aptinkama naujoji „rūpestį kelianti“ atmaina, buvo nuspręsta atlikti šių ėminių viruso genomo sekoskaitą. Mėginiai buvo gauti iš Santaros klinikų biobanko“, – sako Santaros klinikų biobanko vadovas, vyresnysis medicinos biologas Daniel Naumovas.

Siekiant tikslumo sekoskaita buvo vykdyta dviejuose centruose: UAB „Thermo Fisher Scientific Baltics“ ir Santaros klinikų Hematologijos, onkologijos ir transfuziologijos centre Mėginius paruošė ir sekoskaitą atliko dr. Justinas Šlikas, vyresnysis „Thermo Fisher Scientific“ mokslo darbuotojas bei Santaros klinikų Hematologijos, onkologijos ir transfuziologijos centro medicinos biologas Rimvydas Norvilas, o gautų duomenų bioinformatinę analizę atliko Ingrida Olendraitė, Kembridžo universiteto virusų molekulinės biologijos ir bioinformatikos mokslininkė. Tyrimas atliktas, naudojant UAB  „Thermo Fisher Scientific Baltics“  reagentus. Įmonė šiuos reagentus suteikė ir sekoskaitos dalį atliko neatlygintinai.

Patikrinus SARS-CoV-2 viruso atmainas, „rūpestį keliančios“ B.1.1.7 neaptikta. Visuose mėginiuose buvo rasta iki šiol Lietuvoje sekoskaitos būdu neaptikta B.1.258 atmaina, kuri duomenų bazėse siejama su Jungtine Karalyste, Danija ir Šveicarija. Lietuvoje aptikta B.1.258 ir Jungtinėje Karalystėje rasta B.1.1.7 atmaina turi bendrą mutaciją – S baltymo 69-70 aminorūgščių praradimą, kuris, manoma, atsirado dėl protrūkio, susijusio su ūkiuose auginamomis audinėmis.

Pasak Santaros klinikų Hematologijos, onkologijos ir transfuziologijos centro vadovo prof. Laimono Griškevičiaus, puikiai pavyko tikslingai atsirinkti mėginius, atlikti geros kokybės sekoskaitą ir tiksliai išanalizuoti duomenis. Viruso mutacijos ilgainiui gali daryti įtaką diagnostinių rinkinių tikslumui, viruso perdavimui (užkrečiamumui), vakcinų veiksmingumui. Šiuo metu lengviau, taigi ir  greičiau plintančios VOC (arba B.1.1.7) atmainos nei Santaros klinikos, nei kolegos Vilniaus universitete ir Lietuvos sveikatos mokslų universitete išanalizuotuose Lietuvoje aptiktuose SARS-CoV-2 genomuose (~230; lapkričio-gruodžio mėn.) nerado. Tačiau šiuo metu, esant labai dideliam užsikrėtimų skaičiui, tokie pavieniai viruso genomo tyrimai yra nepakankami, todėl svarbu kuo greičiau pradėti nuolatinę viruso sekoskaitą Lietuvoje.

Apie B.1.258 atmainą

B.1.258 atmaina yra viena iš trijų žinomų viruso atmainų, kai kuomet pradingsta  S-geno signalas, atliekant įprastinius viruso PGR tyrimus. Tai susieta su S baltymo 69-70 aminorūgščių praradimu ir dažniausiai aptinkama bent trijose skirtingose atmainų genomų atmainose (B.1.1 (taigi ir B.1.1.7), B.1.258 ir ‘cluster 5’). Taip pat šioje B.1.258 atmainoje aptinkama ir N439K (asparagino aminorūgštis, pakeista lizinu) mutacija S baltyme, kuri, manoma, padeda S baltymui stipriau prisijungti prie žmogaus ACE2 receptoriaus. 

Apie B.1.1.7 atmainą

Susirūpinimą kelianti B.1.1.7 atmaina turi neįprastai didelį mutacijų kiekį (17), iš kurių 8 įvyko atsakingame už susijungimą su žmogaus ląstele – S gene. Pirmą kartą ši atmaina buvo aptikta Jungtinėje Karalystėje 2020 metų rugsėjį. Iki šios dienos toks pats virusas buvo aptiktas jau 29 šalyse. Pirminiai epidemiologiniai tyrimai rodo, kad B.1.1.7 atmaina siejama su išaugusiu užkrečiamumu. Šiuo metų nėra įrodymų, kad ši atmaina turėtų įtakos ligos sunkumui ar skiepų veiksmingumui.

Sekoskaitos svarba visuomenės sveikatai

Naujai atsirandančios viruso atmainos teoriškai gali pasižymėti gebėjimu greičiau plisti visuomenėje, sukelti lengvesnes ar sunkesnes ligos formas. Taip pat atmainas gali būti sunkiau aptikti atliekant diagnostinius testus. Atmainas būtina stebėti dėl galimo atsparumo vaistams bei vakcinai.

Apie SARS-CoV-2 sekoskaitos tyrimus Lietuvoje ir pasaulyje

Lietuvoje viruso sekoskaitą atlieka Santaros klinikos, Vilniaus universitetas ir Lietuvos sveikatos mokslų universitetas. Šiuo metų yra nustatyta 228 Lietuvoje plintančių virusų genomų. Deja, toks nedidelis sekoskaitos skaičius suteikia mažai informacijos apie epidemiologinį viruso atmainų paplitimą. Pasaulyje epidemiologiniai sekoskaitos tyrimai taikomi plačiau nei Lietuvoje. Jau į tarptautinę duomenų bazę įkelta per 322 tūkstančius viruso genomo sekų. Pirmaujanti šalis yra Jungtinė Karalystė, kurioje tyrėjai viruso sekoskaitą atlieka apie 10 proc. visų patvirtintų atvejų.

 


28 kovo, 2024

Energetikos ir Finansų ministerijos kartu su Nacionaline plėtros įstaiga „Investicijų ir verslo garantija“ („Invega“) pradeda teikti beveik 800 mln. eurų vertės […]

28 kovo, 2024

Daliai gyventojų negavus perspėjimo pranešimų apie gaisrą Vilniuje, Vidaus reikalų ministrė Agnė Bilotaitė mato poreikį peržiūrėti techninį pranešimo siuntimo įgyvendinimą, […]

28 kovo, 2024

Kovo 27 dienos vakarą Vilniuje Panerių gatvėje AB „Ruvis“ teritorijoje užsiliepsnojo automobilių atliekų apdorojimo aikštelė. Aplinkos apsaugos agentūros laboratorija išvyko […]

28 kovo, 2024

Artėjant moksleivių pavasario atostogoms dalis šeimų kartu su atžalomis planuoja keliones į užsienį. Psichologė atkreipia dėmesį, kad išvykos į svečias […]

27 kovo, 2024

Vilniuje užsidegė automobilių sąvartynas, Eltai patvirtino Priešgaisrinės apsaugos ir gelbėjimo tarnyba (PAGD). Informuojama, kad gaisras kilo Panerių g. 56 esančiame […]

27 kovo, 2024

Telekomunikacijų bendrovė „Telia“ savo darbuotojams pradėjo rengti nemokamus pirmosios pagalbos suteikimo kursus.  Per šiuos metus įmonė sudarys galimybę beveik 2000 savo darbuotojų […]

27 kovo, 2024

Avarijos – vienas iš nemaloniausių nutikimų gyvenime. Tai dažniausiai nenumatytas nelaimingas atsitikimas. Neabejotinai niekas niekuomet intenciškai nesiekia sukelti avarijos ir […]

27 kovo, 2024

Lietuvoje nėra įrengta pakankamai slėptuvių, priedangų ir kolektyvinės apsaugos statinių, kurie karinių veiksmų atveju, vykstant apšaudymams iš oro raketomis, dronais, […]

Ekonomistas Aleksandras Izgorodinas. Josvydo Elinsko (ELTA) nuotr.
27 kovo, 2024

2024-uosius rinka pradėjo optimistinėmis nuotaikomis: tiek rinkos dalyviai, tiek paskolų turintys gyventojai ir verslai nekantrauja, kada gi pasaulio centriniai bankai […]

27 kovo, 2024

Žodis „negalia“ gali kelti labai įvairias asociacijas. Dažnai jos – nemalonios, tad nieko nuostabaus, kad šį nepatinkantį jausmą galbūt norisi […]

26 kovo, 2024

Po truputį šylant orams vis daugiau laiko leidžiame gamtoje ir parkuose, neretai ir su savo keturkojais augintiniais. Draudikai skaičiuoja, kad […]

26 kovo, 2024

Artėjant vasaros sezonui vairuotojai suskumba pasikeisti vasarines padangas. Apžvelgsime, kodėl verta pasirinkti tinkamas aukščiausios kokybės vasarines padangas, taip padidinant saugumą, […]

25 kovo, 2024

Šiemet ankstokai prasidėjęs motociklininkų sezonas į gatves atginė ir naujus iššūkius eismo dalyviams. Per žiemą primiršti vairavimo įgūdžiai pakiša koją […]

23 kovo, 2024

Grūdų augintojų asociacijos pirmininkas Aušrys Macijauskas sako, kad įvesta griežtesnė grūdų iš Rusijos kontrolė yra geras žingsnis, tačiau visiškai neužkirsiantis […]

23 kovo, 2024

Naujausiais oficialiais duomenimis, per teroro aktą netoli Maskvos esančioje koncertų salėje „Crocus City Hall“ žuvo 115 žmonių. Tai pranešė Rusijos […]

23 kovo, 2024

Lenkų sąjunga šeštadienį pradėjo eitynes ir mitingą dėl padėties tautinių mažumų mokyklose Lietuvoje. Keli šimtai dalyvių, daugiausiai moksleiviai iš lenkiškų […]

23 kovo, 2024

Vilniaus universiteto Tarptautinių santykių ir politikos mokslų instituto (VU TSPMI) dėstytojas, politologas Nerijus Maliukevičius sako, kad Kremlius teroro aktą Maskvos […]

22 kovo, 2024

Lietuvoje prasidėjus diskusijoms ar nereikėtų drausti tėvams dalintis vaikų nuotraukomis ir vaizdo įrašais internete, pasaulyje savo vaikų turiniu socialiniuose tinkluose […]

22 kovo, 2024

Kauno miesto savivaldybei svarstant dėl lėšų skyrimo gyventojams įsirengti priedangas daugiabučių rūsiuose, Nacionalinio krizių valdymo centro (NKVC) vadovas Vilmantas Vitkauskas […]

21 kovo, 2024

Nors daugelis džiaugiasi atėjusiu pavasariu ir skuba planuotis įvairias veiklas lauke, ne vienam apsilankymas gamtoje primena apie ne itin malonią […]