VU GMC bioinformatikų komanda – tarp geriausių pasaulyje
Pandemijos koreguojami renginių formatai nesutrukdė Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro (VU GMC) mokslininkams atlikti tyrimų ir pasiekti svarbių rezultatų. Lapkričio 30 – gruodžio 4 d. vykusio pasaulinio baltymų struktūros modeliavimo konkurso CASP (angl. Critical Assessment of protein Structure Prediction) baigiamojoje konferencijoje VU GMC bioinformatikų komanda baltymų kompleksų struktūrų modeliavimo kategorijoje užėmė antrąją vietą. Komandą sudarė dr. Česlovas Venclovas, dr. Justas Dapkūnas ir dr. Klimentas Olechnovičius.
Kas dvejus metus rengiamas CASP konkursas skirtas pasauliniu mastu įvertinti baltymų struktūrų modeliavimo lygį. 2018 m. VU GMC komanda šiame konkurse užėmė pirmąją vietą.
Pasak lietuvių mokslininkų komandos vadovo dr. Č. Venclovo, konkurse visiems dalyviams duodamos vienodos užduotys – nusakyti tų pačių baltymų struktūrą. Tai daroma aklo testavimo principu. Dalyviai nežino struktūrų, o tai leidžia objektyviai palyginti skirtingų grupių siūlomus baltymų struktūrų nusakymo metodus.
Mokslininkas pažymėjo, kad šiemet CASP pagrindinėje, individualių baltymų struktūros modeliavimo kategorijoje triumfavo „DeepMind“ komanda (AlphaFold2), kuri naudojo dirbtinį intelektą. Jų sukonstruotų kompiuterinių modelių tikslumas prilygsta eksperimentui. Daugelio ekspertų nuomone, jų rezultatai reiškia, kad apie 50 metų gyvavusi baltymų struktūros nusakymo problema iš esmės yra išspręsta.
„CASP14 „DeepMind“ rezultatai sulaukė didelio susidomėjimo geriausiuose mokslo žurnaluose ir įvairių šalių žiniasklaidoje. Tai rodo milžinišką pasaulinį susidomėjimą dirbtinio intelekto panaudojimo galimybėmis“, – sako VU GMC komandos vadovas.
Pasak dr. Č. Venclovo, „DeepMind“ nedalyvavo baltymų kompleksų nusakymo kategorijoje, todėl neaišku, kokie jų rezultatai būtų buvę joje. „Nors „DeepMind“ nustebino ne vieną, rankų nuleisti neketiname. Konkurse užimta antroji vieta man suteikia akstiną didžiuotis mūsų komandos indėliu baltymų struktūrų modeliavimo srityje, o už puikų pasirodymą labiausiai norėčiau padėkoti savo kolegoms, kurie buvo pagrindiniai šios sėkmės kalviai. Jie vasarą iš tikrųjų ir atliko visą pagrindinį darbą“, – sako komandos vadovas.
VU GMC mokslininko teigimu, nors po šių metų renginio teks pergalvoti komandos tyrimų kryptis ir tikslus, tačiau „DeepMind“ pergalė tikrai nesumažino entuziazmo ir noro dalyvauti tolesniuose konkursuose.
